根据1995年以来的防卫大纲，日本海上自卫队保护的远洋范围横盖从横滨经塞班岛、关岛至北纬20度线的东南航线，此外还包括日本列岛与周边海域总面积合计370余多平方公里的经济海域；一旦开战，日本海自还将防卫并封锁宗谷、津轻和对马三个海峡。而在2004年修改的防卫大纲之中，日本海自的防守范围进一步延伸到距离本土2000海浬的距离，抵达澳洲海域以及东南亚的马六甲海峡。除此之外，在美国及其盟国的东亚战略架构之下，日本海自也会负责从中东经印度洋、新加坡、马六甲海峡到西太平洋的护航任务。

日本是亚洲濒西太平洋的大陆岛屿国家，四面环海，隔着狭窄的海峡与亚洲大陆的朝鲜半岛相望。日本本土地形狭长，主体由四大岛屿构成，由北而南分为北海道、本州、四国与九州，其间又有无数大小岛屿，南端有琉球群岛，地形破碎，而岛与岛之间形成许多对日本战略意义重大的海峡和水道，着名的包括分隔北海道与本州之间的津轻海峡、北海道西北端与俄罗斯萨哈林岛南端之间的宗谷海峡、日本西部与朝鲜半岛之间的对马海峡、本州与九州之间的关门海峡、九州岛南端大隅半岛和大隅诸岛之间的大隅海峡、九州南端的鹿儿岛水道，以及琉球群岛之间的奄美水道、先岛海峡、宫古、石垣、与那国水道等等；而冲绳首府所在的那霸岛至宫古岛之间距离270海浬，形成广阔的先岛海峡。由于日本极端仰赖对外贸易以及海运输入的能源物资，各岛屿之间又非常依赖海上运输，但国土形势却如此破碎，海岸线漫长，敌国很容易渗透或采取潜艇、水雷封锁，因此海防的需求甚为殷切。而从积极面来看，由于日本列岛横在亚洲大陆北端与太平洋之间，其间各海峡和水道遂成为海上交通的到道，例如前述的宗谷海峡、津轻海峡、关门海峡、对马海峡是从日本西侧日本海进入太平洋的必经孔道，而琉球群岛之间的水道、海峡则是从东海进入太平洋的必经之路；如果日本海自能控制这些海峡及水道，即可以阻隔亚洲大陆企图从日本海、东海进入太平洋的通道，因此无论是冷战时代对抗亚洲北部的苏联，或者是后冷战时代围堵中国海上力量，日本的海上力量都十分重要，既防堵了敌对势力，又保障了日本的海运生命线。

海上自卫队最主要的四大水面舰基地，分别是位于东京湾入口的横须贺、位于九州长崎县的佐世保、位于日本中部广岛湾的吴，以及位于京都府以北、面向日本海的舞鹤；这四大基地都设有地方监部，也分别是海自四个护卫队群的基地。除了这四个主要基地外，海上自卫队在日本领土北端的主要基地，则是位于北海道青森县的大凑港，设有地方监部。

第七舰队司令部设置在横须贺，并且是美军航空母舰的驻地，从2006年起部署的是华盛顿号，这是美国海军第一艘设籍在境外基地的核子动力航空母舰；佐世保则是第七舰队在日本的第二大基地，储存燃料与弹药的设施甚至比横须贺还完；在越战期间，佐世保一度是美国两栖舰队与潜艇部队在西太平洋的主要驻地，虽然越战结束后美国缩减了佐世保基地的作用，将舰队撤出，许多设施）也归还给日本供海上自卫队使用，但1990年代美国海军对西太平洋重视程度增加之后，美军海军舰艇再度回到了佐世保，目前是第七舰队第一两栖战斗群的驻地，此外还配置有扫雷舰、远洋拖船与核能攻击潜艇；目前海上自卫队使用佐世保的外港，美军使用内港，而佐世保内的造船厂设施则全部属于自卫队，美军舰艇的维修作业一律到横须贺进行。值得一提的是，佐世保是美军在日本驻地之中，离朝鲜半岛最近者──换言之与北韩和中国这两个西太平洋主要潜在敌手最近的基地，故其战略地位在21世纪初期日渐重要。

从美日安保架构成立开始，日本海自都与美国在西太平洋上的第七舰队合力维护日本周边海域以及日本东南、西南两条海上航线的安全。由于日本海上战略地位重要，加上对海运的极度依赖，因此日本海自的远洋战略始终将焦点摆在反潜之上。日本海自的反潜战略规划，系配合美国第七舰队的力量，采取积极的外围反潜措施，在日本周边海域布下严密的海空反潜监视网，希望尽可能及早发现进入防区的潜艇，在日本航线外围就将其消灭。在远程早期预警方面，日本海自透过各陆上基地的P-3C反潜基地对日本四周海域进行不间断的大范围巡逻，而海面的护卫舰队、潜艇则对主要航线与海域进行重点巡逻。必要时，日本海自舰队将对海上航线采取护航措施，目前的策略为间接护航，不派遣舰队跟随船团被动等待敌潜艇上门，而是派出巡逻机与反潜艇队在航线上的重点海域进行巡逻警戒，以反潜巡逻机进行早期搜索，发现潜艇后即与水面舰、潜艇等部队配合，实施三维空间的立体协同反潜作战，将敌潜艇消灭。

此外，为了有效配合美国在西太平洋的第一岛链封锁战略，日本海自在主要的海洋战略要地、军事基地、岛屿、海峡等要冲，建立先进而严密的立体监视和情报搜集网络，并透过卫星通讯与美军太平洋总部实行即时的情资联结，使美日双方可以联合监视敌方海空动静。