然而美军却打算以核弹引诱穆托，再以穆托引诱哥斯拉，打算借由核弹的爆炸威力同时杀死这三只巨兽。有鉴于穆托的电磁脉冲能瘫痪电子军武, 核弹的引爆装置被改成传统倒数器来替代。在用火车运送引诱用的核弹头时却被雌穆托劫车, 而最后剩下的那颗核弹在海上的运送过程中被雄穆托抢走，赠予雌穆托，当作穆托幼体们的食物来源。

　　被穆托抢走的核弹由于倒数器未被停止，只剩数十分钟后会引爆，为了阻止爆炸，福特和其他军人从上空空投到战场上，希望能将核弹给拆解，避免核弹爆炸的威力波及数万人的性命。哥斯拉此时正在城市内和穆托战斗。美军找到核弹，但因倒数器坏掉无法拆解，只好将核弹带往一公里外的港边。此时福特准备以油罐车内的石油将穆托卵全数烧尽。当雌穆托看到自己的婴孩被烧成灰烬时，愤怒地要将福特杀死。而哥斯拉趁着这段空隙射出了两发原子吐息重击雌穆托。飞来救援的雄穆托则被哥斯拉用巨尾甩击打死在大楼上，但却因撞击的力道过强导致大楼坍塌，使的哥斯拉自己被大楼埋没。