23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。

　　赤眉军入长安时，当地残破不堪，赤眉军只能四处找寻粮食，遇大雪损失惨重，随后被刘秀派将领冯异击败，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤底(今河南渑池县礼庄寨)再被冯异打败，樊崇投降，最后被杀。