随着苏联国内局势的变化，独断专行的斯大林当上了苏联领袖。蒙古内部也很快转向，乔巴山也追溯苏俄的“主子”大搞个人独裁。他变本加厉的从事分裂祖国，迫害广大外蒙古人民的活动。

在外蒙古，他大搞“去中国化”。政治上，凡是有主张平等发展与各国尤其是中国关系者，皆可能被处死！经济上，他断绝与内地的经济往来。文化上，他大搞俄化运动。他冒天下之大不讳，废除了八思巴蒙文，改用斯拉夫字母创立蒙古“新文字”，极大增加了蒙古人民的文化学习负担！大力消灭在外蒙古流行的中国古典文学，使外蒙古没有了汉、藏文字，没有了汉语语言！

最恶毒的是，乔巴山还视藏传佛教为洪水猛兽，发动了所谓“破除宗教迷信运动”，使全地区的喇嘛和寺庙锐减！但所有这一切并不能泯灭爱国的外蒙古人民的中国心。蒙古人民还是在悄悄收藏着中国的文学书籍和古代文物，许多蒙古人还是在使用旧的蒙古文字；蒙古还是有大量的藏传佛教的信徒，当博克多格根死后，蒙古喇嘛们热切盼望九世班禅额尔德尼到外蒙古访问，并迎接八世哲布尊丹巴的转世灵童到来！

抗战前夕，三十八个爱国僧俗组成团体，集体向南京去电求救，要求祖国内地发兵外蒙古，拯救水深火热的外蒙古人民，收回中国对外蒙古主权！

但由于中华民族的积贫积弱，中央政府处于内忧外患之中，无力出兵收复外蒙，使得外蒙古与祖国渐行渐远。除此之外，乔巴山还致力于将分离主义输出到其他地区，支持新疆“三区革命”与西藏分离势力，对中华民族欠下了又一笔血债。

长期以来乔巴山依靠着一顶“无产阶级革命家”的帽子博得了中国主流学术界的同情，在无产阶级国际精神的前提之下乔巴山一直是作为正面形象出现在中国普通百姓的面前，可使其分裂国家之实确实昭然若揭，不容置疑。相信有一天，觉醒了的中国人必然将这一历史罪人送上审判台，还历史一个公道。