二是惩治腐败。朱元璋治吏严酷，官员贪污二十两银子杀头，六十两剥皮，各地都设有专门的剥皮作坊，剥下来整个人皮用草填充，挂于路边，以警示其他官吏。朱元璋对贪官污吏可谓恨之入骨，杀起文武大臣来就象割草一样毫不手软，连他自己的女婿欧阳伦都不能幸免，堪称亘古以来之最。

这和朱元璋出身贫寒，亲眼目睹贪官污吏横行霸道、欺压良民、民不聊生、官逼民反的现实又亲身参与并领导造反的经历有关，因此，当他登上皇帝宝座后，就把治理官僚作风的重点放在惩办贪官污吏上，他说：“往日朕在民间，见州县官吏多不体恤黎民，往往贪财好色，饮酒废事，凡民疾苦，视之漠然，心中异常愤恨。而今要平立法禁，凡遇官吏贪污枉法蠹害百姓者，决不宽恕！”并提出“杀尽贪官”的口号。

《大明律》中甚至规定：老百姓不仅可以越级到京都控告地方官的贪赃枉法及其他罪行，而且还可以把有实据的贪官污吏押送到京都处置。在惩治贪官污吏过程中当然包括许多功臣，这一方面是朱元璋陆续消灭功臣的既定方针，另一方面也是许多功臣居功自傲，目无法纪所至。仅一个"空印案"，一个郭恒案，就有数万人被株连处死