三是为继任者清除障碍。朱无璋即位初期由于身体强健，与功臣之间矛盾不深，另外其皇后马氏贤惠，几方面原因使那个阶段杀功没有后来狠辣，但也有廖永忠等功臣被以不大的罪名处死，刘基被逼走，徐达被害死的例子。

随着时间的推移，功臣违法案件的增多，朱元璋与功臣之间的矛盾日益加深。尤其是自己的长子朱标懦弱而又早亡，长孙朱允炆年幼，朱元璋担心其对付不了那些功勋赫赫的悍将，于是痛下杀手，对功臣采取了灭绝式的屠杀。大将军、凉国公蓝玉，一生转战南北，功勋卓著，朱元璋曾将他比做汉代的卫青和唐代的李靖，可见对他的重视程度。

然而，蓝玉的桀傲不逊终于惹恼了朱元璋，于是以谋逆的大罪名对他痛下杀手，仅一个蓝玉案，就辗转牵连屠杀了包括各级将领及朝庭大员近十万人，军队将领为之一空。以至于燕王朱棣进攻南京时，军中没有能够领兵的大将。总计开国功臣，只有徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人病死床榻，得以保全身名，死后皆封王世袭。

但徐、常、李、邓四人，都死在胡惟庸、蓝玉案子之前，如果活到那时，是否能够保全也还是个未知数。沐英因留镇云南，在外无事，得以寿终。汤和自死最迟，他是绝顶聪明，见太祖疑忌功臣，便告老还乡，绝口不谈国事，所以享年七十，寿终正寝。即使如此，还有传言说徐达、李文忠都是朱元璋暗害，不过未见正史记载。